Krupaja je najjužnije naselje u krepoljinsko - krupajskoj kotlini i u čitavoj homoljskoj oblasti. Selo je uglavnom zbijenog tipa, podužnog oblika, jer je tendencija fizionomskog razvoja usmerena pored regionalnog puta Krepoljin - Despotovac. Visovi u okruženju sela su: Grabar (581 m) na istoku, Ugar (379 m) na jugu, Malo brdo na jugu, Jastrebovica (439 m) na jugozapadu, Šumanje (384 m) na severu. Selo se nalazi na nadmorskoj visini od 226 -300 m. Leži na važnoj saobraćajnici regionalnog karaktera Krepoljin - Despotovac, što joj daje povoljan geografski položaj. Od Krepoljina selo je udaljeno 10 km, a od Despotovca 26 km. Krupaja je na sredokraći izme?u Milanovca (3 km) i Lipovice (3 km). Kroz Krupaju protčie Cvena reka, leva pritoka Krupajske reke, na čijim su strmim i erodiranim stranama uske doline gusto zbijene kuće. Tragovi starog naselja otkriveni su na lokalitetu Selište koji se nalazi kod samog Krupajskog vrela. Na ovom mestu je prona?ena bakarna sekira koja predstavlja direktnu kopiju neolitske kamene kalupaste sekire. Taj jedinstveni nalaz prestavlja najstarije metalno oru?e u praistoriji Evrope. Na lokalitetu Velika i Mala peć, otkriveno je jedinstveno rimsko naselje u pećini, sa brojnim nalazima novca i drugih predmeta III i IV veka naše ere.