Milatovac leži na severnom obodu Žagubičke kotline u suženom delu doline Milatovačke reke. Na lokaciji sela najveći uticaj imala je privreda. Naime, iako je nizvodnije dolina šira, a time i uslovi za formiranje naselja mnogo bolji, selo se pomeralo uzvodno prema šumovitom homoljskom vencu na kome su livade i pašnjaci. Na taj način omogućeno je iskorišćavanje šumskog regiona i travnih površina planinske oblasti, sa jedne strane, i plodnih oranica na aluvijalnim nanosima i pliocenim naslagama, sa druge strane. Selo je van glavne saobraćajnice Homolja, Beograd - Bor, sa kojom ga spaja asfaltni put u dužini od 4 km.